4.1 节点文件
在节点中,存在着若干个必要的文件来使它正常运行。您可以通过学习这些文件来修改节点或新增节点。
在/app/目录中存放着所有文件,以PySCF-HF节点 (该节点使用Restrict-Hartree-Fock 方法计算分子能量和轨道信息) 为例,使用以下命令进入容器:
docker exec -it PySCF-HF-Node bash
通过 cd /app/PySCF-HF/ 进入节点文件中,并查看到对应文件:
PySCF-HF/
├── node.json # 节点入口,包含运行指令、组件描述
├── help.md # 节点说明文档,对于webUI的"?"按钮
├── performance_config.json # 智能化调度配置文件
├── script/
│ └── main.py # 节点执行脚本
└── example/
├── test_config.json # 示例配置文件
└── h2o-0p85.xyz # 示例结构文件
文件功能说明:
node.json
node.json 是节点的核心配置文件,主要用于定义节点的身份定义和行为模式。该文件包含了节点的元信息,如唯一ID、名称、版本等,并且详细定义了节点的输入输出接口,包括上游输入、前端输入和下游输出、前端输出,明确了节点与其他组件或系统之间的数据交互方式。此外,该文件还配置了节点的执行命令和所需的环境依赖,确保节点能够在特定条件下正常运行。为了方便使用和维护,node.json 通常还会提供节点的联系信息以及示例配置,帮助开发者快速理解和使用节点。平台通过解析此文件来识别节点的特性,并据此生成相应的工作流接口,从而实现节点的集成与调度。help.md
help.md 是节点的帮助文档文件,主要用于提供节点的使用说明和配置指南。该文件包含节点的功能概述、参数说明、使用示例以及常见问题解答等内容,帮助用户快速了解和使用节点。文档采用 Markdown 格式编写并集成到 webUI 中,具有良好的可读性和兼容性。通过阅读此文档,用户可以掌握节点的基本操作方法和高级配置技巧,从而更高效地完成相关任务。performance_config.json
performance_config.json 用于描述节点在不同任务规模下的性能表现,这是智能调度系统的重要基础。该文件包含了基准性能指标,如不同分子规模下的资源需求,以及资源预估公式(例如内存需求与轨道数的关系)。此外,文件还提供了并行计算配置建议和环境依赖详情,帮助优化节点的运行效率。平台调度系统会根据此文件自动分配 CPU 和内存资源,确保节点在最佳状态下运行。通过合理配置此文件,用户可以显著提升计算任务的执行速度和资源利用率。script/main.py
script/main.py 是节点的执行主程序,内置特定的科学计算逻辑。该脚本负责解析配置文件(通常来自config.json),处理分子结构数据(如.xyz文件),并调用PySCF等计算框架来完成Hartree-Fock等量子化学计算。在执行过程中,系统会生成中间结果文件和最终结果文件,如.chk和.json格式文件,供后续分析或使用。用户可以通过命令行参数指定配置文件路径,如:python main.py --config_path <配置文件路径>来启动计算任务。该脚本是节点的核心功能实现部分,确保了计算过程的准确性和可靠性。example/
example/ 目录提供完整的使用示例,包括配置文件、输入分子结构、预期结果等,帮助用户快速上手和测试节点功能。该目录通常提供典型的输入文件(如.xyz格式的分子结构)、配置文件(如config.json)以及输出结果示例。用户可以通过运行这些示例来验证节点的安装和配置是否正确,同时也可以基于这些模板快速创建自己的任务。示例文件的设计注重简洁性和实用性,能够覆盖常见的使用场景,为用户提供直观的参考。